Depuis plus de quarante ans, le projet pédagogique de l'Ecole d'Aguesseau s'articule autour de trois axes prioritaires : le savoir faire, le savoir et une formule de contrôle continu. Les méthodes de fonctionnement de l'établissement valorisent les élèves dotés de bases solides et font progresser le niveau et les compétences de ceux qui éprouvent des difficultés à exploiter efficacement leurs capacités. Un encadrement strict, mais bienveillant, une atmosphère studieuse, des enseignants qualifiés (pour la plupart chargés de cours dans les lycées et collèges privés sous contrat ou publics), des classes aux effectifs volontairement limités, un suivi individualisé de l'élève qui, bien souvent a besoin de reprendre confiance en lui, et une communication permanente avec les parents, constituent les principaux vecteurs de la dynamique de l'Ecole d'Aguesseau et de la réussite de ses élèves.